Rantaro

Es el personaje principal de la serie. Es pelirrojo y lleva gafas. Procura ser el más centrado de sus dos compañeros pero le resulta difícil aprender las técnicas. Cuando sobre sale en alguna misión, es por su intuición, pues pocas veces se deja llevar por las normas, las cuales apenas si recuerda. Sus padres, viven en el campo, y es su madre quien se ocupa de las tareas si su marido está en misión especial, lo cual son pocas veces.

Shimbei

Es el segundo personaje principal. Se caracteriza por ser el más bajito y regordete de toda la clase de principiantes. Tiene los ojos muy pequeños y unas cejas grandes y negras que parecen dos gusanos, y que en el fondo recuerdan bastante a las de Shin-Chan. Un rasgo inequívoco suyo es que no posee nariz, como Krilin de Dragon Ball. Es muy poco atento en clase, se duerme casi siempre lo cual provoca las risotadas de sus compañeros y la ira de sus profesores. De hecho tiene un don para dormirse en todas partes e incluso de pie. Otra de sus características es que tiene un pelo tan rebelde que si se moja, llega a ser tan duro como el acero. La otra, son sus mocos espesos y su baba al dormirse. Más de una vez ha llenado a sus amigos y profesores de esos fluidos. También es el más precoz, porque es el primero que encuentra novia y en el primer episodio. Shimbei, decidió hacerse ninja por aburrimiento de su vida tan regalada, pues es hijo de un rico comerciante viudo que le da todos sus caprichos.

Kirimaru

El tercer protagonista de la historia. Tiene el pelo azul y largo. Es también el más alto de los tres. No queda muy claro por qué decidió hacerse ninja, pero lo que sí es que es un negociante en potencia. Lo que más le gusta es el dinero y, aunque nunca quiere dar sus servicios a cambio de nada, siempre acaba por hacerlo sin ver ni una moneda. Una de sus características es que al oír la palabra “recompensa”, “dinero” o “cobrar”, se le convierten los ojos en monedas y desarrolla los clavos de su dentadura al estilo vampiresco. Es un tacaño empedernido, tanto, que siempre que juegan al “piedra, papel o tijeras” pierde por no abrir nunca el puño. Es especialista en tener más de un trabajo por jornada en época de vacaciones para sacar el máximo de monedas. Kirimaru es huérfano y el más pobre de los tres.

Shige

La novia de Shimbei. Es un clon de su novio y es aprendiz de Kunoichi, nombre que reciben las mujeres ninja. Es también la nieta del director de la escuela y lo que más le gusta es sonarle los mocos a Shimbei. Ambos siempre se hablan de forma muy romántica.

Secundarios

Yuki y Tomomi

Las amigas de Shigue. Les encanta burlarse de Rantaro y los suyos, y siempre que se enfrentan pierden ante ellas por goleada. Las dos son muy altas, más que Shigue y que los chicos, son pelirroja y azul respectivamente.

Profesores Denzo Yamada y Hansuke Nôy y la señorita Shiina Yamamoto

Son los que más salen. El profesor Denzo, es el más mayor de todos los del plantel y tiene una cara como una máscara de carnaval. Está casado y tiene un hijo, Rikichi, un ninja de élite lo cual provocó gran confusión entre sus alumnos debido a que su hijo es mucho más guapo que su padre. Denzo, tiene como afición más conocida disfrazarse de mujer. El señor Hansuke, es el más joven y el que más pelea con los niños para que aprendan. Está soltero, vive como puede y durante las vacaciones se ocupa de Kirimaru. En cuanto a la señorita Yamamoto, es la instructora de las chicas. Es un personaje extraño porque realiza un doble papel con dos personalidades distintas: una viejecita adorable o una mujer-ninja esbelta y de edad semejante a la de Hansuke.

El Director, la Monitora y Hem-Hem

Son personajes que, aunque parezcan secundarios, tienen mucho peso. El director, es un venerable anciano que sólo se dedica a tomar el té y dormir. Durante su juventud fue un ninja de élite. La monitora, es la encargada del comedor donde comen los niños. Tiene muy mal carácter pero a su vez es muy buena, siempre y cuando, eso sí, se coman todo lo que hay en el plato. Se caracteriza por gritarles “¡¡no aceptaré sobras!!”. Hem-Hem es el perro ninja del director. No sólo lleva el pañuelo típico cubriéndole la cabeza, sino que también sabe artes marciales, el uso de las shourikens (estrellas ninja) y andar sobre dos patas. Su mayor característica es que no sabe ladrar. Su amo, le obligó a dejarse de ello por el escándalo que hacía, por lo que aprendió a comunicarse sólo con un sonido sordo y seco hem-hem el cual le da el nombre.

Otros

Los profesores Señor Tôbe y el señor Sombra.

Son profesores de primer curso de ninjas y también imparten clases a los grupos superiores donde destacan Yashamaru y Saburagi uno de los cuales es un alumno aventajado pero de muy mal genio. El otro le hace de comparsa. El señor Tôbe, les enseña a los niños el arte de la espada. Es muy valiente, muy preciso en la lucha pero a su vez muy tranquilo. Sólo pierde cuando o come mucho o nada. Siempre va de morado, lleva coleta, una estrella grabada en la frente y por sus ojos, siempre parece que esté enfadado, los cuales, por el contrario no tienen pupila. El señor Sombra, sale muy poco. Es un ser extraño, muy oscuro que siempre parece llevar la carga del mundo sobre sus espaldas. Viste de negro y sobre su cara siempre se le pintan unas rayas negras a modo de sentirse muy afligido. Le tiene un asco enorme a cualquier tipo de bicho resbaladizo.

Shôzo y Guinsanta

Son amigos de Rantaro y los suyos. Salen muy poco, pero a veces tienen episodios exclusivos. Shôzo es el delegado de la clase. Muy aplicado, se esfuerza mucho para llegar a ser un buen ninja, puesto que en su casa consideran que es perder el tiempo. Procura llevar a todos a la orden, algo dificultoso si se tiene a gente como Rantaro, Shimbei y Kirimaru cerca. Son especialistas en sacarlo de sus casillas. Guisanta, llegó a la escuela a mitad temporada. Se hizo pasar por hijo de una gran familia adinerada para que no le diesen de lado. Es un poco lento, aunque tiene gran corazón. Su única pega es el entusiasmo que siente por todo tipo de bicho repulsivo los cuales colecciona y tiene en tinajas dentro del armario de su habitación: babosas, gusanos, serpientes y anguilas entre otros.

Los Ninjas del Castillo del Veneno y el Hippo Hieta

Es uno de los principales enemigos de la escuela de ninjas que siempre les mete en problemas. Su característica es que tiene un cabezón enorme que también asemeja a una máscara de carnaval el cual le hace caer de espaldas cada vez que se ríe. Sus secuaces se identifican por ir vestidos de rojo y gafas de sol rojas.

El Señor Hiogo III

Es un pirata de montaña. Lo conocieron los niños cuando fueron a buscar una seta por capricho del director. Quería ser pirata pero debido a su pánico al agua, tenía su barco en la montaña. Por suerte, a medida que avance la serie, perderá ese miedo, se echará al mar y se convertirá en un gran pescador.